대주주 요건 충족 시 세금은? 양도소득세까지 한 번에 정리

 

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주식 투자가 활발해지면서 예상보다 빠르게 대주주 요건을 충족하는 개인 투자자들이 늘어나고 있습니다. 2025년 기준 종목별 시가총액 10억원 이상 또는 지분율이 코스피 0.5%, 코스닥 1% 이상이면 대주주로 분류되며, 일반 투자자와는 완전히 다른 세금 체계가 적용됩니다. 특히 양도소득세는 최대 30.25%까지 부과될 수 있어 투자 수익에 큰 영향을 미칩니다. 

국세청 대주주 과세제도 안내

 

대주주가 되면 단순히 양도소득세만 부과되는 것이 아니라, 신고 의무, 거래 제한, 공시 의무 등 다양한 규제가 적용됩니다. 본 가이드에서는 대주주 요건부터 세금 계산, 신고 방법, 절세 전략까지 투자자가 반드시 알아야 할 모든 내용을 체계적으로 정리하여 제공합니다. 

 

🌱 대주주 요건과 판정 시점

대주주란 상장법인의 주식을 일정 규모 이상 보유한 주주를 의미하며, 세법상 특별한 과세 대상이 됩니다. 2025년 현재 대주주 판정 기준은 종목별 시가총액 10억원 이상 또는 지분율 기준(코스피 0.5%, 코스닥 1%, 코넥스 2%) 중 하나를 충족하는 경우입니다.

 

대주주 판정의 핵심은 '특수관계인 합산'입니다. 본인뿐만 아니라 배우자, 직계존비속, 형제자매 등 특수관계인의 보유 지분을 모두 합산하여 판정합니다. 예를 들어 본인 6억원, 배우자 5억원을 보유하면 합산 11억원으로 둘 다 대주주가 됩니다. 

소득세법 시행령 제157조 

 

판정 시점은 '양도일 현재'가 기준입니다. 매수 시점에는 대주주가 아니었더라도 매도 시점에 대주주 요건을 충족하면 양도소득세 과세 대상이 됩니다. 반대로 매도 시점에 대주주 요건을 벗어나면 비과세됩니다.

 

시가총액 계산은 양도일 전일 종가를 기준으로 합니다. 주가 변동에 따라 대주주 여부가 달라질 수 있으므로, 매도 전 반드시 확인이 필요합니다. 특히 최근 주가 급등으로 '깜짝 대주주'가 된 투자자들이 늘고 있습니다.

📊 대주주 판정 기준 (2025년)

시장 지분율 기준 시가총액 기준
코스피 0.5% 이상 10억원 이상
코스닥 1% 이상
코넥스 2% 이상

 

ETF와 리츠(REITs)도 일반 주식과 동일한 대주주 기준이 적용됩니다. 다만 해외주식은 대주주 규정과 무관하게 모든 양도차익에 대해 22%의 양도소득세가 부과됩니다.

 

대주주가 되면 세금 외에도 추가 의무가 발생합니다. 5% 이상 보유 시 주식등변동상황명세서 제출 의무, 10% 이상 보유 시 내부자 거래 제한 등이 적용됩니다. 이러한 규제는 시장의 투명성과 공정성을 위한 장치입니다.

 

최근 삼성전자, SK하이닉스, 네이버, 카카오 등 대형 IT주의 장기 보유자들이 주가 상승으로 대주주가 되는 사례가 증가하고 있습니다. 특히 우리사주나 스톡옵션을 보유한 임직원들도 주의가 필요합니다.

 

대주주 여부는 종목별로 판정하므로, A종목 8억원, B종목 7억원을 보유해도 각각 10억원 미만이면 대주주가 아닙니다. 하지만 동일 종목에서 가족 보유분은 합산되므로 주의해야 합니다.

🧭 특수관계인 범위

구분 범위 합산여부
1촌 배우자, 부모, 자녀 합산
2촌 형제자매, 조부모, 손자녀 합산
기타 며느리, 사위 합산
3촌 이상 삼촌, 조카, 사촌 미합산

🍃 대주주 세금 종류와 체계

대주주에게 부과되는 세금은 크게 양도소득세와 증권거래세로 구분됩니다. 양도소득세는 주식 매도 시 발생한 차익에 대해 부과되며, 증권거래세는 매도금액에 대해 일률적으로 부과됩니다.

 

양도소득세는 과세표준에 따라 22~27.5%의 누진세율이 적용되며, 여기에 지방소득세 10%가 추가됩니다. 1년 미만 단기 보유 시에는 10%p가 가산되어 최대 41.25%까지 부과될 수 있습니다.

홈택스 양도소득세 사전

 

증권거래세는 코스피 0.08%, 코스닥 0.15%가 적용됩니다. 2025년부터는 코스피 0.05%, 코스닥 0.10%로 인하될 예정이었으나, 금융투자소득세 시행 연기와 함께 현행 세율이 유지되고 있습니다.

 

배당소득세는 대주주 여부와 관계없이 동일하게 15.4%(지방세 포함)가 원천징수됩니다. 다만 금융소득이 연간 2천만원을 초과하면 종합과세되어 최대 49.5%까지 부과될 수 있습니다.

🧪 대주주 세금 체계

세금 종류 과세 대상 세율
양도소득세 양도차익 22~27.5%
지방소득세 양도소득세의 10% 2.2~2.75%
증권거래세 매도금액 0.08~0.15%

 

🌿 양도소득세 상세 계산법

양도소득세 계산은 '양도가액 - 취득가액 - 필요경비 = 양도차익'의 기본 공식에서 시작합니다. 양도가액은 실제 매도금액이며, 취득가액은 매입 당시 지급한 금액입니다.

 

필요경비로는 증권거래세, 매매수수료, 투자자문수수료 등이 인정됩니다. 특히 대량 거래의 경우 수수료가 상당하므로 빠짐없이 계산에 포함시켜야 합니다. 증빙서류는 5년간 보관이 필요합니다.

 

양도차익에서 장기보유특별공제를 적용합니다. 1년 이상 2년 미만 보유 시 10%, 2년 이상 3년 미만 15%, 3년 이상 30%를 공제받을 수 있습니다. 이는 양도차익에서 직접 차감되므로 절세 효과가 매우 큽니다.

국세청 양도세 자동계산 

 

장기보유특별공제 적용 후 기본공제 250만원을 차감합니다. 이는 연간 1회만 적용되므로, 여러 종목을 매도할 경우 같은 연도에 처리하는 것이 유리할 수 있습니다.

 

최종 과세표준에 세율을 적용하여 산출세액을 구합니다. 3억원 이하는 22%, 초과분은 27.5%의 세율이 적용되며, 여기에 지방소득세 10%를 가산하면 최종 납부세액이 결정됩니다.

 

손익통산도 중요한 절세 포인트입니다. 같은 과세기간 내에 이익이 난 종목과 손실이 난 종목을 함께 매도하면 순양도차익이 줄어들어 세금을 절감할 수 있습니다.

 

실제 계산 예시: 10억원에 매입한 주식을 15억원에 매도, 3년 이상 보유한 경우 양도차익 5억원에서 장기보유특별공제 30%(1.5억원)와 기본공제 250만원을 차감하면 과세표준은 3.475억원이 됩니다.

🥗 양도소득세 계산 단계

단계 항목 계산 예시
1 양도가액 15억원
2 (-) 취득가액 10억원
3 (-) 필요경비 500만원
4 = 양도차익 4.95억원
5 (-) 장기보유공제(30%) 1.485억원
6 (-) 기본공제 250만원
7 = 과세표준 3.44억원

🌻 세율과 공제 항목 총정리

2025년 대주주 양도소득세율은 과세표준 3억원을 기준으로 차등 적용됩니다. 3억원 이하는 22%, 3억원 초과분은 27.5%의 세율이 적용되며, 지방소득세 10%를 포함하면 실효세율은 24.2~30.25%입니다.

 

1년 미만 단기 보유 주식은 기본세율에 10%p가 가산됩니다. 따라서 과세표준 3억원 이하는 32%, 3억원 초과는 37.5%가 적용되며, 지방세 포함 시 최대 41.25%의 높은 세율이 부과됩니다.

한국거래소 세금 안내 

 

중소기업 주식은 세율 우대가 적용됩니다. 과세표준 3억원 이하 10%, 3억원 초과 20%로 일반 기업 대비 절반 수준입니다. 벤처기업은 추가 우대를 받아 더 낮은 세율이 적용될 수 있습니다.

 

공제 항목 중 가장 중요한 것은 장기보유특별공제입니다. 보유기간별로 10~30%까지 공제되며, 양도차익이 클수록 절세 효과가 큽니다. 3년 이상 장기 투자가 세금 측면에서 매우 유리합니다.

🧰 2025년 세율 및 공제 총정리

구분 세율/공제율 비고
기본세율(3억 이하) 22% 일반법인
기본세율(3억 초과) 27.5% 누진적용
단기보유 가산 +10%p 1년 미만
장기보유공제 10~30% 1년 이상
기본공제 250만원 연 1회

 

🍋 신고 및 납부 절차

대주주 양도소득세는 예정신고와 확정신고 두 단계로 진행됩니다. 예정신고는 양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내에 완료해야 하며, 기한을 놓치면 가산세가 부과됩니다.

 

신고는 홈택스(www.hometax.go.kr)를 통한 전자신고가 가장 편리합니다. 공인인증서나 간편인증으로 로그인 후 '신고/납부' → '양도소득세' 메뉴에서 진행할 수 있습니다.

 

신고 시 필요한 서류는 주식 거래내역서, 잔고증명서, 매매계약서 등입니다. 증권사에서 발급받을 수 있으며, 온라인으로도 간편하게 출력 가능합니다. 필요경비 증빙서류도 함께 준비해야 합니다.

홈택스 양도세 신고하기 

 

세금 납부는 신고와 동시에 이루어져야 합니다. 가상계좌 이체, 신용카드, 간편결제 등 다양한 방법으로 납부 가능하며, 고액의 경우 분납도 가능하지만 이자가 발생합니다.

🎭 신고 절차 및 필요서류

절차 기한 필요서류
예정신고 양도일+2개월 거래내역서
세금납부 신고 시 납부서
확정신고 익년 5월 연간 정산서류

 

🍇 절세 전략과 주의사항

대주주 절세의 핵심은 장기 투자입니다. 3년 이상 보유 시 양도차익의 30%를 공제받을 수 있어, 실효세율을 크게 낮출 수 있습니다. 단기 매매보다 장기 투자가 세금 측면에서 유리합니다.

 

분할 매도 전략도 효과적입니다. 한 번에 전량 매도하면 높은 세율 구간에 해당할 수 있으므로, 연도를 나누어 매도하면 과세표준을 낮출 수 있습니다. 특히 3억원 경계선을 고려한 계획이 필요합니다.

 

손익통산을 활용한 절세도 중요합니다. 이익 종목과 손실 종목을 같은 과세기간에 매도하면 순양도차익이 줄어들어 세금을 절감할 수 있습니다. 연말에 포트폴리오를 점검하여 손익통산 기회를 활용하세요.

금융감독원 투자자 보호 

 

대주주 회피 전략도 고려할 만합니다. 보유액이 9억원대에 근접하면 일부를 미리 매도하여 대주주 지위를 피할 수 있습니다. 또는 가족 간 분산 투자로 개인별 보유액을 10억원 미만으로 유지하는 방법도 있습니다.

🧩 주요 절세 전략

전략 효과 주의점
장기보유 최대 30% 공제 시장 리스크
분할매도 누진세 회피 거래비용
손익통산 과세표준 감소 타이밍
 

 

🍑 2025년 세법 개정사항

2025년 가장 큰 변화는 금융투자소득세 시행이 2027년으로 재연기된 것입니다. 당초 2025년 시행 예정이었으나, 증시 영향을 고려하여 2년 추가 연기되었습니다. 따라서 현행 대주주 과세 체계가 당분간 유지됩니다.

 

대주주 기준 금액 상향 조정이 논의되고 있습니다. 물가상승과 주가 상승을 반영하여 현행 10억원에서 15억원 또는 20억원으로 인상하는 방안이 국회에서 검토 중입니다.

 

장기투자 우대 정책도 강화될 전망입니다. 5년 이상 초장기 보유 시 공제율을 40%로 상향하고, 10년 이상은 50% 공제를 적용하는 방안이 추진되고 있습니다. 기획재정부 세제개편안

 

증권거래세 인하도 예정되어 있습니다. 코스피 0.08%에서 0.05%로, 코스닥 0.15%에서 0.10%로 인하하여 거래 비용을 줄이고 시장 활성화를 도모할 계획입니다.

📈 2025-2027 세법 개정 전망

항목 현행 개정안
금투세 시행 연기 2027년
대주주 기준 10억원 15~20억원(검토)
장기보유공제 최대 30% 최대 40~50%(검토)

 

❓ FAQ

Q1. 대주주가 되면 즉시 세금을 내야 하나요?

 

A1. 아닙니다. 대주주가 되어도 주식을 보유만 하고 있다면 세금이 발생하지 않습니다. 실제로 매도하여 양도차익이 실현될 때만 양도소득세를 납부합니다. 평가이익에는 과세하지 않습니다. 

Q2. 부부가 각각 6억원씩 보유하면 어떻게 되나요?

 

A2. 배우자는 특수관계인이므로 합산하여 12억원이 되어 둘 다 대주주가 됩니다. 각자 매도 시 양도소득세를 납부해야 합니다. 다만 세금은 각자의 양도차익에 대해서만 부과됩니다.

Q3. ETF도 대주주 규정이 적용되나요?

 

A3. 네, ETF도 일반 주식과 동일한 대주주 기준이 적용됩니다. ETF 보유액이 10억원 이상이면 대주주로 분류되어 양도소득세를 납부해야 합니다. 세율과 공제도 동일하게 적용됩니다.

Q4. 우리사주나 스톡옵션도 합산되나요?

 

A4. 네, 우리사주와 스톡옵션 행사로 취득한 주식도 모두 합산됩니다. 특히 IT기업 임직원들은 스톡옵션 행사 시 대주주가 될 가능성이 높으므로 사전에 세금 계획을 세워야 합니다.

Q5. 해외주식도 대주주 세금이 적용되나요?

 

A5. 아닙니다. 해외주식은 국내 대주주 규정과 무관합니다. 다만 해외주식은 금액과 관계없이 모든 양도차익에 22%의 양도소득세가 부과되며, 연간 250만원 기본공제가 별도 적용됩니다.

Q6. 신고를 안 하면 어떻게 되나요?

 

A6. 무신고 가산세 20%와 납부불성실 가산세 연 8.8%가 부과됩니다. 또한 세무조사 대상이 될 수 있으며, 고의적 탈세로 판단되면 형사처벌도 가능합니다. 반드시 기한 내 신고해야 합니다.

Q7. 증여로 대주주를 피할 수 있나요?

 

A7. 가능하지만 증여세를 고려해야 합니다. 배우자 6억원, 성년자녀 5천만원까지는 10년간 증여세가 면제되므로, 이를 활용하여 대주주 지위를 회피할 수 있습니다. 다만 계획적 증여로 판단되면 문제가 될 수 있습니다.

Q8. 세무사 도움이 꼭 필요한가요?

 

A8. 단순 거래는 홈택스로 직접 신고 가능하지만, 거래가 복잡하거나 금액이 10억원 이상인 경우, 여러 종목을 거래한 경우에는 세무사 상담을 받는 것이 좋습니다. 특히 절세 전략 수립에는 전문가 도움이 유용합니다.